Perhimpunan Dokter Spesialis Gizi Klinik Indonesia (PDGKI) dibentuk berdasarkan SK PB IDI No. 379/PB/A.4/10/03 tanggal 4 Oktober 2003 tentang pengukuhan sementara PDGKI. Sebelumnya, pada muktamar IDI XXV tahun 2003 di Balikpapan, diterbitkan SK MKKI No.179/KI/IX/2003 tanggal 16 September 2003, tentang pengukuhan persetujuan penyelenggaraan Program Spesialis 1 Ilmu Gizi Klinik dan memutuskan Spesialis Gizi Klinik sebagai spesialis penunjang.
Pada tanggal 14 dan 15 Mei 2004, diadakan Rapat Kerja Nasional Perhimpunan Dokter Gizi Medik Indonesia (PDGMI) dan Kongres Nasional (KONAS) PDGKI I di Hotel Santika, Jakarta. Dari hasil KONAS PDGKI I ini, dibentuk PDGKI dengan Ketua Umum Terpilih: DR. Dr. Sri Rahajuningsih Sutjahjo, M.Sc., SpGK dan Wakil Ketua: Dr. Widjaja Lukito, Ph.D., SpGK. Namun, pada tanggal 16 Agustus 2004, DR. Dr. Sri Rahajuningsih Sutjahjo, M.Sc., SpGK meninggal dunia sehingga Dr. Widjaja Lukito, Ph.D., SpGK ditetapkan sebagai Ketua Umum PDGKI.
Kepengurusan Pengurus Pusat Perhimpunan Dokter Spesialis Gizi Klinik Indonesia (PP-PDGKI) dimulai sejak diterbitkannya SK PB IDI No. 180/PB/A.4/01/05 tanggal 12 Januari 2005 tentang Pengesahan Susunan Personalia Pengurus PDGKI Masa Bakti tahun 2004–2007 dengan Ketua Umum : Dr. Widjaja Lukito, Ph.D., SpGK
Perhimpunan Dokter Spesialis Gizi Klinik (PDGKI) periode 2008-2011 dibentuk pada KONAS II PDGKI yang dilaksanakan pada tanggal 25-26 April 2008 di Hotel Borobudur, Jakarta. sesuai dengan SK PB IDI No. 217/PB/A.4/06/2008 dalam kepengurusan periode ini terpilih sebagai Ketua Umum yaitu Prof. DR. Dr. Abdul Razak Thaha, MSc, SpGK. KONAS berikutnya yaitu KONAS ke III dilaksanakan pada tanggal 5 Mei 2011 di Hotel Royal Grand Pangheugar Bandung, Prof. DR. Dr. Abdul Razak Thaha, MSc, SpGK kembali diberikan kepercayaan menjadi Ketua Umum PP PDGKI periode 2011– 2015 dan dikukuhkan dengan SK PB IDI No. 1270/PB/A.4/06/2011 dan pelantikan kepengurusan ini dilaksanakan pada tanggal 17 Juni 2011 di Hotel Acacia Jakarta
Dalam Kongres Nasional IV PDGKI yang dilaksanakan pada tanggal 25 April 2015 di Makassar telah terpilih Ketua PDGKI yaitu Prof. DR. dr. Nurpudji A. Taslim, MPH, SpGK(K). PP – PDGKI Periode 2015 – 2018 telah dikukuhkan pada tanggal 6 Juni 2015 di Jakarta, berdasarkan SK IDI No 1823/PB/A.4/06/2015 tanggal 3 Juni 2016
Cabang saat ini :
- PDGKI Cabang Sumatera Utara
- PDGKI Cabang Sumatera Barat
- PDGKI Cabang DKI Jakarta
- PDGKI Cabang Banten
- PDGKI Cabang Jawa Barat
- PDGKI Cabang Jawa Tengah
- PDGKI Cabang Jawa Timur
- PDGKI Cabang Bali
- PDGKI Cabang Kalimantan Timur
- PDGKI Cabang Sulawesi Selatan
- PDGKI Cabang Sulawesi Barat
- PDGKI Cabang Sulawesi Tenggara